Financer une startup duale en 2026 : aides défense, fonds et pièges à éviter dès la création
Par Margaux Morel, chargée marketing et communication chez BTD Consulting, cabinet montpelliérain labellisé Expert en Financement de l’Innovation par Bpifrance.
Tu peux avoir la meilleure techno anti-drones de France et perdre ton statut JEI, le remboursement immédiat de ton CIR et l’accès aux fonds européens avant même d’avoir levé ton premier euro. Il suffit pour cela d’une seule erreur : avoir signé tes statuts trop vite.
C’est le paradoxe des startups duales en 2026. Jamais l’argent n’a été aussi disponible pour les technologies utiles à la fois au civil et à la défense. L’État rehausse la programmation militaire, l’Europe ouvre ses guichets d’innovation aux projets de défense, et même l’épargne des particuliers commence à financer la base industrielle et technologique de défense (BITD). Pourtant, une partie des dossiers se ferment pour une raison qui n’a rien à voir avec la qualité de la technologie : la manière dont la société a été construite.
Dans ce guide, je t’explique comment fonctionne le financement d’une startup duale, quels dispositifs mobiliser à chaque étape, et surtout quelles décisions verrouiller avant la signature des statuts. Je m’appuie sur les textes en vigueur, sur le guide « Financer une startup duale » publié en octobre 2026 par la Commission du financement de l’industrie de défense (CFID) de l’INAS, et sur ce qu’on observe chez BTD quand on audite l’éligibilité de nos clients aux aides publiques.
Si tu cherches les bases sur le capital social à prévoir ou sur le bon moment pour déposer tes demandes, on y a déjà consacré des articles complets. Ici, on se concentre sur ce qui est propre au dual-use et à la défense.
Startup duale : pourquoi 2026 change complètement la donne
Une startup duale développe une technologie qui sert à la fois des marchés civils et des besoins militaires. Pense à l’IA embarquée, aux drones et à la lutte anti-drones, au spatial, au quantique ou à la cyber. Ces technologies naissent presque toujours sur des marchés civils, dans de jeunes entreprises, avant d’intéresser les armées.
Côté français, le signal est clair. La loi du 16 août 2026 actualisant la programmation militaire intègre 36 milliards d’euros de ressources nouvelles pour 2026-2030, ce qui porte le total de la programmation à 435,7 milliards d’euros. Selon l’avis du Sénat sur le budget 2026, les crédits de l’innovation de défense atteignent 1,4 milliard d’euros cette année, au-delà des 1,32 milliard prévus. Et la guerre en Ukraine a changé l’horloge : entre une idée et son emploi sur le terrain, on raisonne parfois en mois, plus en années.
Côté européen, le virage est encore plus net. Depuis le 17 juin 2026, le Conseil européen de l’innovation (EIC) investit dans les technologies de défense et duales, un tournant stratégique de la politique d’innovation européenne. C’est la première fois qu’un instrument de financement de l’Union investit directement en fonds propres dans des entreprises liées à la défense. Le Fonds européen de défense consacre de son côté 1 milliard d’euros en 2026 à la R&D collaborative, dont plus de 60 millions réservés aux PME.
Le vrai sujet n’est donc plus de savoir si des financements existent. Il est de savoir dans quel ordre les activer, et si ta société est structurée pour y avoir accès.
Les trois profils de startup duale, et ce que chacun ouvre ou ferme
Avant de parler dispositifs, il faut regarder qui détient ta société. C’est la question que l’on pose en premier en rendez-vous, parce que la réponse conditionne une grande partie de ce qui suivra.
La startup de fondateurs, détenue par ses créateurs et quelques business angels, a l’accès le plus naturel aux leviers fiscaux : statut JEI, BSPCE, remboursement immédiat du CIR. Sa faiblesse est ailleurs. Ses fonds propres sont limités, sa trésorerie est tendue tant que les aides ne sont pas encaissées, et elle doit construire sa crédibilité auprès d’acheteurs défense qui ne la connaissent pas.
La startup soutenue par des fonds de capital-risque ou des fonds spécialisés défense profite de tickets plus élevés, de réinvestissements aux tours suivants et d’une gouvernance structurée. En contrepartie, il faut surveiller la dilution, les clauses de préférence, la qualification des fonds au regard de la JEI et l’origine géographique des investisseurs, qui peut fermer des portes européennes.
La startup adossée à un industriel, qu’il s’agisse d’une joint-venture, d’un spin-off ou d’une filiale, est le profil le plus exigeant. Elle bénéficie d’une technologie, de moyens d’essai, d’un accès au marché et d’un financement de démarrage. Mais l’expert de la CFID le résume bien : par la seule rédaction de son pacte, une telle startup peut perdre la JEI, le remboursement immédiat de son CIR et l’accès aux fonds européens, sans que sa technologie soit en cause. On y revient en détail plus bas, car c’est là que se joue l’essentiel.
La vallée de la mort version défense : pourquoi le timing pèse autant que le montant
Toute startup deeptech connaît la courbe en J. Mais en défense, elle est plus profonde et plus longue, parce que la commande publique arrive bien après la R&D. Le point bas de ta trésorerie tombe entre la démonstration et la pré-industrialisation, au moment où tu as beaucoup dépensé et encore très peu vendu.
Le piège, c’est de confondre le droit à une aide et la date à laquelle tu l’encaisses. Prends un CIR de 40 000 euros par an pendant trois ans. Si ta société est éligible au remboursement immédiat (JEI, PME au sens européen, entreprise nouvelle détenue à 50 % par des personnes physiques), tu touches ces sommes chaque année. Sinon, la créance s’impute sur l’impôt des trois années suivantes avant d’être restituée. Résultat, dans l’exemple chiffré du guide CFID, 120 000 euros restent à financer par d’autres moyens pendant jusqu’à trois ans. Un CIR non remboursable immédiatement ne paie pas les salaires de l’année.
C’est pour ça que la règle d’or en défense est de lever pour traverser la vallée, pas pour l’atteindre. Et c’est aussi pour ça que la structure de ton capital a un impact direct sur ta trésorerie, bien au-delà de la fiscalité. Si tu veux creuser la qualification de tes dépenses de R&D, notre article sur le CIR depuis l’arrêt Scality complète bien ce point.
Fonds propres défense : qui investit vraiment dans les startups duales
Le paysage des investisseurs a beaucoup bougé en dix-huit mois. Il faut d’abord comprendre une règle simple : les fonds publics défense sont des minoritaires qui complètent un tour de table, ils ne le remplacent jamais.
Definvest, financé par le ministère des Armées et géré par Bpifrance, est doté de 100 millions d’euros. Sa durée d’investissement a été prolongée à 20 ans et sa durée de vie portée à 30 ans pour mieux accompagner les PME et ETI stratégiques. Il intervient en minoritaire, en fonds propres ou quasi-fonds propres, et suppose un pré-accord d’éligibilité du ministère des Armées ainsi que la présence de co-investisseurs. Le Fonds Innovation Défense (FID), lui, cible les entreprises innovantes duales en croissance, avec un pré-accord de l’Agence de l’innovation de défense. Il a notamment co-mené avec Definvest la levée de 57 millions d’euros de Cailabs en 2025. Pour une société tout juste créée, ces deux fonds arrivent plutôt au stade de la pré-industrialisation.
La nouveauté de l’année, c’est l’épargne des particuliers. Lancé en octobre 2025, le fonds Bpifrance Défense a collecté 150 millions d’euros auprès de plus de 10 000 particuliers, vise une taille cible de 450 millions d’euros et est déjà exposé en direct à 20 entreprises de la BITD, plus une centaine via six fonds partenaires. Pour toi, cela signifie un vivier de capital supplémentaire, mais sélectif, qui investit selon sa propre stratégie et souvent aux côtés d’autres investisseurs. Les régions s’y mettent aussi. L’Occitanie a annoncé un fonds défense de 100 millions d’euros, la région Sud un véhicule de 50 millions et Auvergne-Rhône-Alpes un plan de 200 millions. Pour une startup montpelliéraine ou toulousaine, c’est une carte à jouer, à condition d’avoir son implantation dans la région, sachant que les doctrines d’investissement de ces fonds sont encore en construction.
Enfin, les business angels s’organisent : un premier réseau paneuropéen dédié à la défense et aux technologies duales a été lancé fin 2025 avec le soutien de Bpifrance et du ministère des Armées. Point d’attention souvent ignoré : la réduction d’impôt de tes business angels dépend de ta qualification JEI. Les souscripteurs au capital d’une JEI peuvent bénéficier d’une réduction d’impôt sur le revenu de 30 %, portée à 50 % pour une JEI de rupture, pour les souscriptions réalisées jusqu’au 31 décembre 2028, sous conditions et plafonds. Autrement dit, la JEI se joue aussi sur ton tour de table.
Agence de l’innovation de défense : RAPID, ASTRID et la porte du guichet unique
L’Agence de l’innovation de défense (AID) est ton interlocuteur naturel. Sa porte d’entrée, le guichet unique, est probablement le meilleur rapport coût-bénéfice de tout le financement dual : une description synthétique de ton projet suffit pour obtenir un échange et un avis préalable, et ce pré-dépôt date l’antériorité de ton projet. Encore faut-il avoir une note produit, un état de l’art et des verrous technologiques clairement rédigés.
RAPID est le dispositif phare. Il subventionne les projets d’innovation duale portés par des PME ou des ETI de moins de 2 000 salariés, seules ou en consortium. L’appel est permanent et couvre la recherche industrielle comme le développement expérimental, avec des niveaux de maturité technologique indicatifs allant de TRL 3 à 7. Deux mises en garde. RAPID est sélectif, et être éligible ne veut pas dire être retenu. Surtout, l’effectif est apprécié au niveau consolidé : si tu es filiale d’un grand groupe, le seuil des 2 000 salariés peut te fermer la porte.
ASTRID et ASTRID Maturation, portés par l’ANR et l’AID, financent sur 18 à 36 mois de la recherche exploratoire à retombées duales, avec au moins un partenaire public. Il n’y a pas de guichet permanent, il faut donc guetter l’ouverture de chaque édition. Un détail qui pèse lourd : la cession de la propriété intellectuelle issue des travaux et toute licence exclusive sont soumises à autorisation de la DGA. À vérifier avant d’adhérer, au regard de tes clauses de sortie entre associés. Les thèses AID et CIFRE-Défense, enfin, financent un doctorant employé par ta société et créent l’ancrage académique qui ouvre ASTRID et le crédit d’impôt recherche collaborative.
Commande publique : ton premier client défense vaut souvent plus qu’une subvention
On l’oublie trop souvent, mais le meilleur financement reste un client. Et en défense, l’État peut acheter vite. Le code de la commande publique permet à un acheteur de passer, sans publicité ni mise en concurrence préalables, un marché de défense ou de sécurité portant sur des travaux, fournitures ou services innovants de moins de 300 000 euros HT.
Ce contrat ne finance pas ta R&D amont, mais il prouve un besoin, crée une référence et parle immédiatement aux investisseurs. Les expérimentations avec les forces, souvent montées avec l’AID et les cellules innovation des armées, jouent le même rôle de preuve terrain. Le partenariat d’innovation, plus lourd, couvre dans un même contrat la R&D puis l’achat des produits. Et la sous-traitance des grands maîtres d’œuvre t’ouvre des volumes récurrents, à condition de relire les clauses d’exclusivité et de cession des résultats au regard de la JEI.
Europe et OTAN : des guichets qui s’ouvrent, sous conditions de contrôle
L’EIC est la grande nouveauté. Il propose des subventions jusqu’à 2,5 millions d’euros, des prises de participation jusqu’à 30 millions et un appel STEP de 100 millions dédié au dual-use. Les candidatures sont ouvertes jusqu’au 28 octobre 2026, avec des résultats attendus début 2027. Si ton projet est mûr, c’est donc maintenant ou dans la prochaine fenêtre. Attends-toi à une sélection très dure et à une exigence de co-investissement privé pour les gros montants.
Le Fonds européen de défense et son volet innovation EUDIS (231 millions d’euros en 2026) fonctionnent surtout en consortiums multinationaux. Ils sont réservés aux entités établies dans l’Union ou un pays associé et non contrôlées depuis un pays tiers non associé, sauf garanties approuvées. Un industriel extra-européen majoritaire au capital peut donc à lui seul fermer cet accès.
Côté OTAN, l’accélérateur DIANA a lancé une cohorte 2026 de 150 innovateurs adossée à un réseau de 200 centres d’essais. En revanche, inutile de viser le NATO Innovation Fund : la France ne figure pas parmi les 24 Alliés participants, et une société dont le siège est en France n’y est pas éligible. C’est une erreur qu’on voit encore dans des business plans.
Startup créée avec un industriel : les quatre points qui font sauter tes aides
C’est le cœur du sujet, et c’est là que la plupart des montages se fragilisent sans que personne ne s’en rende compte avant l’immatriculation.
Le premier point est la détention du capital. Pour être JEI, ta société doit être détenue en continu à au moins 50 % par des personnes physiques ou des investisseurs limitativement énumérés, et ce en capital, en droits de vote et en droits aux bénéfices. Un industriel personne morale n’est qualifiant que s’il respecte lui-même les seuils de taille et est détenu à 50 % par des personnes physiques. Un grand groupe ne l’est donc presque jamais. La parade consiste à ramener sa participation directe sous 50 % et à compléter son apport par des instruments donnant accès au capital, comme des obligations convertibles, qui ne comptent qu’à leur exercice. Attention toutefois : une conversion en cours d’exercice peut te faire perdre la JEI pour toute l’année, d’où l’intérêt de tenir une table de capitalisation dynamique. Pour les BSPCE, la loi de finances pour 2026 a abaissé le seuil de détention par des personnes physiques à 15 %. Tu peux vérifier rapidement ta situation avec notre diagnostic JEI/JEIR.
Le deuxième point est l’autonomie. L’administration exclut de la JEI et des BSPCE les sociétés créées pour étendre ou reprendre une activité préexistante, et elle considère qu’il y a extension quand la nouvelle société dépend d’un partenaire pour son savoir-faire, ses approvisionnements ou sa gestion. Le faisceau d’indices est connu : un financement exclusif par l’associé industriel, un dirigeant nommé et un budget approuvé par sa seule majorité, des moyens mis à disposition plutôt que propres. Une exclusivité ou un veto commercial au profit de l’industriel est même disqualifiant à lui seul, y compris quand il détient moins de 20 % des droits de vote. Concrètement, ton dirigeant doit avoir de vrais pouvoirs opérationnels, les matières réservées doivent se limiter à la stratégie, le budget doit être validé annuellement et non dépense par dépense, et tu dois avoir tes propres salariés, locaux et équipements.
Le troisième point est la propriété intellectuelle. Si l’industriel te cède une technologie qui n’a jamais été exploitée commercialement, l’administration admet que la condition d’activité nouvelle reste respectée, même si la cession est payée en numéraire ou en titres. Une simple licence, à l’inverse, peut caractériser une dépendance au concédant. Ce que le contrat de PI tait compte autant que ce qu’il dit : pas de licence retour exclusive, pas de veto commercial, pas d’exclusivité de distribution.
Le quatrième point est la structure financière. Plusieurs cahiers des charges, notamment pour l’aide au développement deeptech, exigent des fonds propres au moins égaux à l’aide demandée. Les avances en compte courant de l’industriel ne comptent que si elles sont bloquées. Et une clause de dissolution activable par un seul associé pendant l’exécution d’une aide pluriannuelle t’expose au reversement : il faut la suspendre tant que les aides courent. Il y a aussi un piège plus discret, l’effet dénominateur. Le ratio JEI rapporte tes dépenses de R&D à l’ensemble de tes charges. Avec 300 000 euros de R&D sur 1,2 million de charges, tu es à 25 %. Ajoute 400 000 euros de refacturations intragroupes hors recherche et tu tombes à 18,8 %, sous le seuil des 20 %. Calibre tes conventions intragroupes avant de les signer.
Reste la souveraineté. Si ton industriel est extra-européen, les fonds européens de défense te sont fermés par principe. La création d’une société nouvelle n’entre pas, en l’état des textes, dans le contrôle des investissements étrangers, mais un apport d’actifs ou une prise de contrôle ultérieure peut y entrer. Et l’export de biens et technologies à double usage reste soumis à autorisation, y compris pour un transfert intragroupe vers une entité située hors de l’Union.
Retour d’expérience : un montage industriel juste, mais en friction avec les aides
Le guide CFID détaille un cas anonymisé tiré d’une mission de cadrage conduite en 2026, et il illustre parfaitement ce qu’on rencontre sur le terrain. Un groupe industriel établi hors de l’Union, via sa filiale, détient 55 à 65 % d’une joint-venture créée avec des fondateurs personnes physiques. Le groupe cède la PI au coût de la R&D avec un paiement différé, finance une petite équipe de recherche par des avances en compte courant non bloquées, nomme et révoque le dirigeant via un comité stratégique majoritaire, et peut déclencher une dissolution anticipée en cours de programme.
Industriellement, le montage tient la route. Mais à structure inchangée, la JEI, le remboursement immédiat du CIR, le crédit d’impôt innovation et les BSPCE deviennent des risques à instruire. Les aides Bpifrance et France 2030 risquent d’être conditionnées ou ajournées. Les aides pluriannuelles sont exposées au reversement. Et les fonds européens de défense sont fermés par principe, puisque le contrôle s’exerce depuis un État tiers non associé.
La bonne nouvelle, c’est qu’un seul de ces blocages relève d’un obstacle de texte. Les autres se traitent par cinq corrections : documenter l’associé entrant et ramener sa participation directe sous 50 % avec des obligations convertibles en complément, rééquilibrer la gouvernance, sécuriser la cession de PI, instaurer la discipline de dépôt et un registre des aides, et consolider la structure financière. Aucune ne touchait à la répartition économique convenue entre les parties. Mais quatre sur cinq relevaient des actes constitutifs, et après l’immatriculation, chacune devient une modification statutaire à renégocier.
Le chiffrage illustratif est parlant. En base 100 pour le CIR seul à structure inchangée, on passe à 118 avec la JEI, puis à 131 avec la JEI et le CII une fois la structure corrigée, soit 31 % de soutien public annuel en plus et jusqu’à trois ans gagnés sur l’encaissement du CIR.
C’est exactement le schéma qu’on retrouve chez BTD lors de nos audits d’éligibilité : quand un fondateur vient nous voir avec des statuts déjà signés, une partie du travail consiste à réparer ce qui aurait pu être évité en une réunion. Quand il vient avant, avec son term sheet, on peut presque toujours préserver l’équilibre voulu avec l’industriel tout en gardant les guichets ouverts.
Les décisions à prendre avant de signer tes statuts
Si tu ne retiens qu’une partie de cet article, retiens celle-ci. La première décision consiste à identifier précisément l’entité qui entre à ton capital et toute sa chaîne de détention, parce qu’elle commande à la fois la JEI, la qualité de PME, le CII et l’accès aux fonds européens. Dans la foulée, fais établir par écrit si la technologie apportée a déjà été exploitée commercialement, puis arrête un niveau de détention directe compatible avec les seuils, apprécié en capital, en votes et en bénéfices.
Vient ensuite la gouvernance. Dissocie la nomination du dirigeant de la majorité mécanique de l’industriel, limite les matières réservées aux décisions stratégiques et écarte toute exclusivité ou tout veto commercial. Choisis ensuite le mode de transfert de la PI en mesurant ses effets sur l’activité nouvelle, sur le régime de faveur des revenus de propriété intellectuelle et sur ta future sortie.
Côté finances, calibre ton capital au-delà du minimum, bloque les avances d’associés et suspends les clauses de dissolution pendant la durée des aides. Enfin, fixe la date de démarrage de tes travaux après le dépôt de tes demandes : sans effet incitatif, les dépenses engagées avant l’accusé de réception sont définitivement exclues. Pense aussi à tenir un registre des aides par base juridique, car le plafond de minimis est de 300 000 euros sur trois ans au niveau de l’entreprise unique, et le régime d’exemption SA.111723, qui fonde la plupart des aides nationales à la R&D, arrive à échéance le 31 décembre 2026. Pour caler tes dépôts, notre calendrier des appels à projets 2026 peut t’aider.
FAQ : financer une startup duale
Une startup duale peut-elle être JEI si un industriel est au capital ? Oui, à condition que la détention par des personnes physiques ou des investisseurs qualifiants reste d’au moins 50 % en continu, et que la société ne soit pas en situation de dépendance vis-à-vis de l’industriel. Une fois le dossier constitué, tu peux sécuriser ta position par rescrit, le silence de l’administration pendant trois mois valant accord.
RAPID est-il ouvert aux startups qui n’ont jamais travaillé avec la défense ? Oui, RAPID s’adresse à toute entreprise de moins de 2 000 salariés en effectif consolidé portant un projet à potentiel dual. Le passage préalable par le guichet unique de l’AID reste fortement recommandé.
Une startup française peut-elle lever auprès du NATO Innovation Fund ? Non. La France ne fait pas partie des Alliés participants, et une société dont le siège est en France n’y est pas éligible.
Faut-il être déjà fournisseur défense pour candidater à l’EIC ? Non, l’appel dual-use de l’EIC n’exige pas d’être déjà contractant de la défense, mais la sélection est très exigeante.
En résumé
Financer une startup duale en 2026 n’a jamais été aussi accessible sur le papier. La programmation militaire actualisée, l’ouverture de l’EIC à la défense, les fonds Definvest, FID et Bpifrance Défense, les fonds régionaux et l’achat innovant jusqu’à 300 000 euros HT forment une véritable mosaïque de financements.
Mais cette mosaïque ne s’active que dans le bon ordre. La courbe en J est plus profonde en défense, et la date d’encaissement d’une aide compte autant que son montant, surtout pour le CIR. L’Agence de l’innovation de défense, avec son guichet unique, RAPID et ASTRID, reste ta première porte, et un premier contrat public vaut souvent plus qu’une subvention. Côté Europe, l’EIC et le Fonds européen de défense s’ouvrent, sous condition de contrôle européen, tandis que le NATO Innovation Fund reste fermé aux sociétés françaises.
Surtout, si tu crées ta startup avec un industriel, tout se joue à la création : détention du capital, autonomie de gouvernance, mode de transfert de la PI, structure financière et souveraineté. Ces décisions ne changent pas l’équilibre économique entre associés, mais elles décident des guichets qui restent ouverts. Une startup duale bien financée, c’est une société dont le capital, les contrats, les travaux et les flux financiers racontent la même histoire. Fais relire ton term sheet avant de signer, pas après.
Sources :
INAS, Commission du financement de l’industrie de défense (CFID), Financer une startup duale, guide n° 3, octobre 2026, A. Tadros Morgane
Code de la commande publique, art. R.2322-16 (décret n° 2024-1251 du 30 décembre 2024) ; CGI, art. 44 sexies-0 A, 199 ter B, 244 quater B ; règlement (UE) 2021/821
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